Предметом деятельности департамента является решение следующих вопросов:

1) подготовка проекта бюджета муниципального образования "Город Томск" на очередной финансовый год и плановый период, проектов решений Думы Города Томска по уточнению бюджета, отчета об исполнении бюджета муниципального образования "Город Томск";

2) организация исполнения бюджета муниципального образования "Город Томск";

3) осуществление функций главного администратора (администратора) источников внутреннего финансирования дефицита бюджета муниципального образования "Город Томск";

4) осуществление в пределах своей компетенции функций по управлению муниципальным долгом;

5) осуществление внутреннего предварительного и последующего муниципального финансового контроля;

6) принятие решений о возврате (зачете) излишне уплаченных (взысканных) платежей в бюджет, пеней и штрафов по ним, а также принятие решений об уточнении платежей в бюджеты бюджетной системы Российской Федерации и представление уведомлений в орган Федерального казначейства (функция администратора поступлений в бюджет муниципального образования "Город Томск");

7) принятие решения о применении бюджетных мер принуждения, решения об изменении решения о применении бюджетных мер принуждения, решения об отмене решения о применении бюджетных мер принуждения, решения об отказе в применении бюджетных мер принуждения;

8) участие в правотворческой деятельности;

9) организация автоматизации бюджетного процесса в Городе Томске.